Seul pilote à avoir battu Marc Marquez en qualifications depuis fin mars, Fabio Quartararo est de nouveau le seul à l'avoir devancé lors des premiers tours de roue effectués sur le circuit Marco Simoncelli ce vendredi 13, premier jour du 13e Grand Prix de la saison. À Silverstone lors du Grand Prix précédent, il avait aussi devancé l'Espagnol ce qui n'avait pas empêché le champion du monde en titre de signer la pole (deuxième à la fin du week-end). Sous le soleil, le pilote Français de l'équipe malaisienne Petronas s'est fait une frayeur dans son tour rapide mais a devancé l'Espagnol de 376 millièmes.
Maverick Vinales (Yamaha) a signé le troisième temps à 0"446 de Quartararo alors que son coéquipier Valentino Rossi, le pilote le plus attendu à San Marin avec plusieurs évolutions sur sa YZR-M1 (carrosserie, échappements), est le premier pilote à plus d'une seconde, neuvième à 1"029. Le dauphin de Marquez au Championnat du monde, Andrea Dovizioso (Ducati), n'a réussi que le onzième chrono, à 1"112, juste devant l'Espagnol Alex Rins (Suzuki), et Johann Zarco (KTM) le dix-huitième, à 1"607.